Хората срещу извънземнитеНашите герои се връщат във фермата на бабата на Кейси, но идилията им скоро е прекъсната, заради две изненадващи открития: 1. Донатело, Микеланджело и Рафаело попадат на шайка побъркани, тежко въоражени, мразещи извънземните Оцелели, решени да докарат и поставят термоядрено устройство в Ню Йорк; и 2. майката на Кейси изненадващо навестява фермата на баба му. Не се знае кое от двете открития е по-опасно...
ОтмъщениетоКогато Микеланджело и Леонардо излизат навън, за да подишат малко чист въздух, те се натъкват на кръстоносец с наметало, който впоследствие дори спасява живота им. Чувствайки се задължени да му помогнат, костенурките скоро научават, че той в действителност е ченге, преследващо мъжа, съсипал кариерата му.
Нова кръв"Спасителят" на Ню Йорк, Ороку Саки, има и друго лице: Шрьодер. Костенурките съвсем случайно се натъкват на истинската причина, поради която Шрьодер "помага" на Ню Йорк. Той иска да получи пълно господство над спасените извънземни технологии, оцелели след катастрофа при скорошното извънземно нашествие на земята. И скоро Костенурките се оказват изправени лице в лице с чисто нови воини от Нинджи убийци. Но какво ли смята да прави Шрьодер с цялата тази извънземна технология?